Alma Ata lahir sebagai tanggapan para cendekiawan muslim dan para ulama dilingkungan pondok pesantren yayasan Ali Masduki dan yayasan Ali Maksum terhadap perkembangan zaman, kecenderungan perubahan peradaban, pola hidup dan perilaku manusia dewasa ini dan merupakan bagian dari refleksi tanggung jawab moral keagamaan untuk membuktikan bahwa “Islam is always suitable anytime and anywhere” bahwa ”Islam sholichun fi kulli zaman wa makan” (Renstra Perguruan Tinggi Alma Ata, 2009-2013).
Pada awalnya Perguruan tinggi Alma Ata di bawah Yayasan Alma Ata berbentuk STIKES dan STIA Alma Ata. STIKES Alma Ata diselenggarakan sejak tahun 2006 dengan landasan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No: 108/D/O/2006, dan dilengkapi dengan Rekomendasi Gubernur DIY No. 421.4/2408, Rekomendasi Kepala Badan PPSDM Departemen Kesehatan RI No. HK.03.2.4.1.02458 (untuk Program Studi D3 Kebidanan) dan No. HK.03.2.4.1.02459 (untuk Program Studi S1 Ilmu Keperawatan). Sedangkan STIA Alma Ata diselenggarakan pada tahun 2007 berdasarkan SK KEMENAG RI No. Dj.I/220.D/2007 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah dan Sekolah Tinggi Ekonomi Islam Alma Ata Yogyakarta.
Seiring waktu dan kebutuhan masyarakat, pada tahun 2015 Perguruan Tinggi Alma Ata resmi menjadi Universitas dengan nama Universitas Alma Ata dengan SK Menristekdikti RI No.155/KPT/I/2016 berlaku 21 Desember 2015.
Fakultas dan Jurusan
Setelah berubah menjadi
universitas, Alma Ata membentuk empat fakultas, yakni fakultas ilmu kesehatan,
fakultas keguruan dan ilmu pendidikan, fakultas ekonomi dan bisnis, serta
fakultas ilmu computer.
Fakultas Ilmu Kesehatan
- S1 Ilmu Keperawatan
- S1 Gizi
- D3 Kebidanan
Profesi Ners
- S1 Administrasi Rumah Sakit
- S1 Farmasi
- S1 & Profesi Bidan
Fakultas Agama Islam
- S1 Pendidikan Agama Islam
- S1 Pendidikan Guru MI
- S1 Ekonomi Syariah
- S1 Perbankan Syariah
Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan
- S1 Pendidikan Guru SD
- S1 Pendidikan Matematika
Fakultas Ekonomi dan Bisnis
- S1 Akuntansi
- S1 Manajemen
Fakultas Ilmu Komputer
- Teknik Informatika
- Sistem Informasi
Program Pascasarjana
- S2 Kesehatan masyarakat
- S2 Kesmas / Alma Ata Graduate School of Public Health